賽默飛離子阱質(zhì)譜有全掃描和選擇離子掃描功能，同時具有離子儲存技術(shù)，可以選擇任一質(zhì)量離子進行碰撞解離，實現(xiàn)二級或多級分析功能。但離子阱的全掃描和選擇離子掃描的靈敏度是相似的。廣泛應用于蛋白質(zhì)組學和藥物代謝分析。已經(jīng)出現(xiàn)了很多離子阱質(zhì)譜與其它分析儀器聯(lián)用的技術(shù)，如氣相色譜-離子阱質(zhì)譜聯(lián)用儀、FTR-ITMS聯(lián)用技術(shù)。
1、寬帶激發(fā)技術(shù)能夠生成更多的結(jié)構(gòu)信息數(shù)據(jù)。
2、脈沖Q裂解技術(shù)保證對低質(zhì)量端離子的捕獲能力。
3、賽默飛離子阱質(zhì)譜已獲的自動增益控制保證任何掃描方式下離子阱都充滿*的離子數(shù)量。
4、動態(tài)排除技術(shù)保證離子強度較低的各類離子也有機會進行二級質(zhì)譜和多級質(zhì)譜數(shù)據(jù)采集。
5、規(guī)一化碰撞能技術(shù)消除離子阱質(zhì)譜儀二級質(zhì)譜實驗中的質(zhì)量歧視效應，使不同儀器產(chǎn)生數(shù)據(jù)具有重現(xiàn)性。
賽默飛離子阱質(zhì)譜的主要應用：
1、應對代謝物鑒定和確證，可自動查找到所有可能的代謝物。
2、應對蛋白質(zhì)組學和生物標記問題，ETD解離技術(shù)使賽默飛離子阱質(zhì)譜成為蛋白質(zhì)組學研究更強大的分析工具。
3、是實現(xiàn)此技術(shù)的zui儀器。ETD與CID互為補充，提高蛋白序列覆蓋率；保護不穩(wěn)定PTM翻譯后修飾基團，簡化數(shù)據(jù)分析；單次進樣自動啟動CID和ETD。
4、母離子智能選擇：自動數(shù)據(jù)依賴多級質(zhì)譜采集技術(shù)不僅能為用戶提供預測代謝物結(jié)構(gòu)信息，也能提供提供未預測的代謝物結(jié)構(gòu)信息。此外，使用自動固定中性丟失數(shù)據(jù)依賴性掃描觸發(fā)三級質(zhì)譜掃描能檢測某一類的代謝物。使用MetWorks和MassFrontier分析軟件增強復雜基質(zhì)鐘代謝物篩選和鑒別功能，使譜圖解析更加簡便。
5、賽默飛離子阱質(zhì)譜可配置ETD裂解源，ETD能夠為線性離子阱提供類似ECD的裂解碎片，在生成大量肽段碎片的同時，保護不穩(wěn)定的PTM翻譯后修飾集團，例如磷酸化翻譯后修飾。ETD功能與賽默飛世爾線性離子阱的高離子儲存量相結(jié)合，是蛋白質(zhì)和肽類分析的新型有效工具。
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