在氣相色譜分析中，基線問題是常見的維護熱點。引起氣相色譜儀器基線問題的原因多種多樣。
在日常的使用中，先從合格和可靠的供應商獲取儀器耗材，如鋼瓶氣、進樣墊、襯管等；其次，應當做好耗材的日常維護，包括氣體凈化裝置（除水、除氧和除烴裝置）、進樣口進樣墊（進樣隔墊、注射墊）、襯管、O型圈、分流部件（分流平板、毛細柱適配器）、分流捕集阱等的清洗和更換；再則，應當做好色譜柱的老化、FID檢測器噴嘴與收集極的清洗，ECD的高溫老化等部件維護；再次，應當按照儀器使用說明書正確設置和操作儀器；z后，還應當注意實驗室環(huán)境應當符合儀器的安裝使用要求。
這里講的是氣體管路（載氣氣路）可能的原因：
在氣相色譜中，要將氣源、凈化器和色譜儀器連接起來，需要使用氣體連接管路和相關連接件，氣相色譜中使用的用以傳輸氣體的管路的材質(zhì)多種多樣，一般有聚四氟乙烯材質(zhì)、銅管、不銹鋼管路三種。用以連接管路的連接件有兩通、三通、四通和O型圈、金屬壓環(huán)/刃環(huán)等。
氣路連接管帶來的問題主要存在于兩個方面。
一方面，如果管路清潔程度不夠，即使使用高純度的氣源，在氣體流經(jīng)管路的過程中，會將管路表面的污染物帶入儀器和色譜柱，導致基線噪聲過大、毛刺和雜峰；
另外一方面，如果使用金屬管路，金屬管路不恰當?shù)那懈钔鶗a(chǎn)生不均勻的末端和毛口，從而形成死體積或者微弱的泄露，例如使用銼刀、剪鉗等，這些工具容易產(chǎn)生微粒（銼刀打磨）以及使內(nèi)外直徑變形（剪鉗切割），從而造成氣路內(nèi)部阻力的變化、產(chǎn)生微顆粒，使流路內(nèi)部有異物，嚴重的結(jié)果可能導致氣路控制裝置（閥、EPC）等損壞。
一般而言由于管路（或者氣源等）漏氣引起的基線波動多具有規(guī)律性，漏氣故障常見的原因主要是管路老化、O型圈破損或者管路未擰緊。
注意的是，使用聚四氟乙烯管件時候，氧氣和其他污染物可以滲透塑料管，從而會損壞色譜柱和檢測器。常規(guī)的分析影響不大，如果使用ECD和極性色譜柱時候應當格外注意，盡量避免使用；另外一點就是，氣相色譜在降溫過程中，尾部會排出熱氣流，如果塑料管位于熱廢氣或熱廢氣組件的附近，則可能會熔化，應當將將聚四氟乙烯管路遠離熱源。
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