常用的計數(shù)方法主要有手工計數(shù)(如利用改良牛鮑計數(shù)板)和細胞計數(shù)儀計數(shù)(經(jīng)費充裕組常備)。從原理來說，這兩種方法基本類似，大致是通過臺盼蘭或者熒光染料染色后，用肉眼或者用攝像機拍照后進行計數(shù)，差別就是前者人累，且精準度和穩(wěn)定性較差；后者不累人，且精準度和穩(wěn)定性較好。
單細胞測序?qū)嶒灥牡谝徊绞菃渭毎麘乙旱闹苽?，而懸液制備中細胞計?shù)的準確性直接影響單細胞測序的數(shù)據(jù)質(zhì)量。
1. 計數(shù)板
用96%酒精沖洗計數(shù)板后，用干凈鹿皮擦凈，另擦凈蓋片一張；把蓋片覆在計數(shù)板上面，使之微微移向一側(cè)，露出計數(shù)板臺面少許，以便滴加細胞懸液；
2. 染色
取吸管1 支，伸入培養(yǎng)瓶中，輕輕反復吹打細胞懸液使細胞重懸均勻后，立即吸細胞懸液少許，向另一離心管中滴入細胞懸液9 滴，再滴入臺盼藍染液1 滴，混勻，置2~3 分種；
3. 加懸液
把計數(shù)板平放在顯微鏡臺上，立即從計數(shù)板邊緣輕輕滴1~2 滴已染色的細胞懸液，使之充滿計數(shù)板和蓋片間空隙中；
4. 鏡檢
鏡下觀察可見細胞分散各處，健康細胞胞體完整，透明不著色，凡著色細胞均為不健康者。計算四角大方格內(nèi)的細胞數(shù)；壓中線者只計算左線和上線者，右線和下線不計算在內(nèi)(即僅計算壓兩個邊的細胞)。
5. 接種培養(yǎng)
通過計數(shù)測知懸液中細胞數(shù)后，可根據(jù)實驗所需細胞數(shù)量向培養(yǎng)容器中接種。細胞接種數(shù)量隨實驗目的、血清含量和細胞生物性狀而定；一般接種量在1~10x105細胞/毫升范圍，實驗周期短，希望細胞增殖較快時，接種量可大些。用含血清量大的培養(yǎng)液培養(yǎng)胚胎來源細胞、無限細胞系和惡性細胞系時，細胞接種數(shù)量不宜太大。
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