在進行菌種鑒定時，所用的微生物一般均要求為純的培養(yǎng)物。得到純培養(yǎng)的過程稱為分離純化.蛋白的分離純化常見方法，離子交換、分子篩、疏水層析、親和層析等，

　　在分離純化過程中多種外部因素都會導(dǎo)致抗原發(fā)生結(jié)構(gòu)變化。

　　1. 溫度

　　由于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的復(fù)雜性，找不到一個能描述溫度和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能之間關(guān)系的一般性機理。但一般來說，溫度越高，蛋白質(zhì)越不穩(wěn)定。在分離純化過程中如果溫度過高，長時間的純化過程可能導(dǎo)致抗原的降解，因此某些純化過程往往在低溫條件下進行。但溫度也并不是越低越好，溫度會影響分離純化的效果。例如在疏水作用層析中，溫度的降低可能導(dǎo)致抗原與填料的結(jié)合能力減弱，發(fā)生穿透。此外，低溫環(huán)境控制同樣帶來能耗的增加。

　　2. pH值

　　溶液pH決定了蛋白質(zhì)的電荷性，因此會影響靜電作用。靜電作用一方面會影響疫苗抗原自身的穩(wěn)定性：首先，當(dāng)pH遠離蛋白質(zhì)的等電點時，隨著溶液酸性或堿性的增強，帶電荷的基團數(shù)目增多，折疊態(tài)上的電荷密度高于去折疊態(tài)，使得蛋白質(zhì)折疊態(tài)不穩(wěn)定；其次，

　　電荷同樣會增強蛋白質(zhì)分子間的靜電作用。例如病毒及病毒樣顆粒(VLPs)疫苗，當(dāng)顆粒有強電荷性時，蛋白質(zhì)分子間的排斥作用有利于穩(wěn)定蛋白質(zhì)的膠體性質(zhì)，但由于病毒及VLPs是由許多亞基組成的，數(shù)量可達上百，且可能是由幾種不同的結(jié)構(gòu)蛋白組成，亞基之間的靜電排斥可能造成顆粒的組裝結(jié)構(gòu)的不穩(wěn)定甚至解聚。另一方面，靜電作用也會影響與純化過程中界面的相互作用。

　　3. 鹽

　　鹽對蛋白質(zhì)穩(wěn)定性的影響比較復(fù)雜。根據(jù)鹽的類型和濃度、離子作用的性質(zhì)、蛋白質(zhì)中的帶電殘基，鹽對蛋白質(zhì)可能起到穩(wěn)定、破壞穩(wěn)定或者無任何影響等效果。鹽對蛋白質(zhì)穩(wěn)定性的凈作用是鹽與蛋白質(zhì)直接作用以及對蛋白質(zhì)分子間作用影響的綜合結(jié)果。由于pH影響蛋白質(zhì)的電荷類型、總量及分布，因此鹽的作用還可能受pH的影響。由此可見，鹽的種類及濃度對疫苗抗原穩(wěn)定性的影響需要系統(tǒng)的考察。

　　4.振動和剪切

　　振動產(chǎn)生疏水的空氣/水界面可以導(dǎo)致蛋白質(zhì)分子在界面處的富集，進而發(fā)生變性，使得暴露在空氣中的疏水殘基大化，并且還會引起蛋白質(zhì)的聚集。剪切也可以暴露蛋白質(zhì)的疏水區(qū)域，引起蛋白質(zhì)的聚集。在切向流超濾過程中，溶液以一定流速流過膜表面，流速越高，濃度極化的程度越小，但是剪切力增加。

　　5.界面

　　在分離純化過程中，固液界面上的吸附既是實現(xiàn)疫苗抗原純化的一個重要作用，也是導(dǎo)致其變性的關(guān)鍵因素之一。

　　在膜過濾過程中，超濾膜的材質(zhì)一般為纖維素、聚砜、聚偏氟乙烯等有機聚合物膜。這些膜的表面具有較強的疏水性，蛋白質(zhì)很容易吸附在這些膜的表面上。目前，商品化膜的表面都經(jīng)過修飾，從而具有較好的親水性，使得蛋白質(zhì)在膜上的吸附大大降低，但是不能*避免蛋白質(zhì)在膜表面的疏水性吸附。另外，膜的表面一般都帶有少量的負(fù)電荷，由于靜電相互作用，帶正電的物質(zhì)會吸附在膜表面。一般來說，吸附在膜表面的蛋白質(zhì)容易發(fā)生變性，導(dǎo)致其生物活性發(fā)生變化。