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            上海申知心生物科技有限公司

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            如何快速找出miRNA相關(guān)的信號通路?

            2017-11-16 閱讀(5471)

            那天突然有人問我,miRNA是不是能做出那種network的網(wǎng)絡(luò)圖,就跟那種文章里一樣?

            其實我自己也忘了到底應(yīng)該怎么整了,簡單點的話,就自己去搜搜看miRNA怎么樣對應(yīng)基因做成列表就行了吧。但是負(fù)責(zé)任的我,還是搜到了一些miRNA分析的工具。

            對,就是上面這個工具,可以分析單個基因或者多個基因?qū)蝹€miRNA和多個miRNA,實際上跟形成network圖沒什么關(guān)系。只是覺得這個做出來的東西,還蠻有意思的。我們可以搜多個miRNA與多個基因間的關(guān)系:

            然后,它就會生成這么一個特別草率的二型網(wǎng)絡(luò)圖……

            點擊里面的miRNA這邊的方塊,就能顯示miRNA分別對于各個靶基因的關(guān)系:

            嗯,邊上還有一個kegg的圖標(biāo),這個是給你做好的這些靶基因位于哪些信號通路的結(jié)果,點一下就會顯示:

            有這個基因所在的信號通路的位置,包含了它能結(jié)合的miRNA結(jié)合位點……可以直觀地看看miRNA到底作用在什么信號套路上。

            當(dāng)然,對于基因,也有相應(yīng)的描述,比如,這個基因到底有多少個剪接異構(gòu)本:

            分別是哪些剪接異構(gòu)本能結(jié)合你搜的這個miRNA:

            可能你也沒考慮過不同的剪接異構(gòu)本,受到的miRNA的調(diào)控不一樣吧……

             



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