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上海源葉生物科技有限公司
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多家機(jī)構(gòu)聯(lián)合發(fā)表基因組測(cè)序“通用語(yǔ)”
2014-6-27 閱讀(234)
美國(guó)*傳染性疾病醫(yī)療研究中心（USAMRIID）牽頭多家機(jī)構(gòu)，在美國(guó)微生物學(xué)會(huì)旗下的mBio雜志上發(fā)布了病毒基因組測(cè)序的一系列標(biāo)準(zhǔn)，為從事病毒基因組測(cè)序的研究者們提供了一個(gè)通用“語(yǔ)言”。
文章的資深作者，USAMRIID的Gustavo Palacios博士介紹道，這些標(biāo)準(zhǔn)是多家研究機(jī)構(gòu)的科學(xué)家共同協(xié)作的結(jié)果，包括Broad研究所、J. Craig Venter研究所、Los Alamos國(guó)家實(shí)驗(yàn)室、國(guó)家過(guò)敏和傳染病研究所、馬里蘭大學(xué)和Johns Hopkins大學(xué)。
“我們讓大家坐在一起，討論出來(lái)一個(gè)有意義的結(jié)果，這是一個(gè)重要的成就，”他解釋道。
作者們指出，基因組是生物體內(nèi)的遺傳物質(zhì)，以DNA或RNA的形式編碼。病毒基因組包括基因和一些非編碼的DNA或RNA序列，含有病毒復(fù)制和傳播所必需的信息。因此，確定這些序列可以獲得寶貴的信息，可以應(yīng)用于各種醫(yī)學(xué)和科研領(lǐng)域。
“多虧了高通量測(cè)序技術(shù)的飛速發(fā)展，現(xiàn)在幾乎所有的病毒研究方向都涉及了測(cè)序，包括分子流行病學(xué)、藥物和疫苗開(kāi)發(fā)、病毒的監(jiān)控與診斷等等，”Palacios說(shuō)。“近來(lái)，不管是已測(cè)序的基因組還是正在投身測(cè)序的研究機(jī)構(gòu)都在迅速增多。”
雖然有大量的病毒基因組正在被測(cè)序，但“目前還沒(méi)有一個(gè)統(tǒng)一的框架，也沒(méi)有通用的詞匯來(lái)描述特定病毒基因組的‘完成’程度，”文章的*作者，USAMRIID的Jason Ladner博士說(shuō)。測(cè)序的完成程度，決定著基因組的下游應(yīng)用，包括設(shè)計(jì)診斷產(chǎn)品、反向遺傳系統(tǒng)以及開(kāi)發(fā)治療對(duì)策等。
研究團(tuán)隊(duì)希望能夠通過(guò)五條標(biāo)準(zhǔn)來(lái)彌補(bǔ)這樣的空白，這些標(biāo)準(zhǔn)涵蓋了完成病毒基因組的整個(gè)階段，使用不依賴測(cè)序技術(shù)的簡(jiǎn)單條件規(guī)定了五個(gè)類別。（延伸閱讀：*基因組測(cè)序參考標(biāo)準(zhǔn)發(fā)布）
“不同的測(cè)序技術(shù)可能會(huì)很快淘汰更新，因此我們這些標(biāo)準(zhǔn)沒(méi)有關(guān)聯(lián)任何特定的測(cè)序平臺(tái)，可以長(zhǎng)時(shí)間的使用下去，”Ladner解釋道。
研究人員指出，這些基因組測(cè)序的新標(biāo)準(zhǔn)，為所有涉及病毒的研究領(lǐng)域提供了一個(gè)基本框架，其分類法也可以被用在公共的序列數(shù)據(jù)庫(kù)中。此外，聯(lián)邦機(jī)構(gòu)還可以根據(jù)這些標(biāo)準(zhǔn)，審批和調(diào)控與病毒有關(guān)的產(chǎn)品，例如診斷產(chǎn)品、疫苗和治療藥物。
